Dōgen est né en 1200 à Uji, près de Kyōto. Son père Michichika appartenait au clan des Minamoto et il descendait de l'empereur Murakami (947-967). À cette époque, le Japon traverse une période de troubles. Le pays est soumis depuis peu à un double pouvoir°: celui de l'empereur et de sa cour installée à Kyōto, capitale traditionnelle, et celui du shogun, sorte de général suprême qui détient le pouvoir militaire, établi, lui, à Kamakura. Dans cette société féodale, les grandes familles se disputent le pouvoir. Les plus illustres sont les Fujiwara et les Minamoto. La mère de Dōgen était la fille de Fujiwara Motofusa, autre personnalité importante de la cour impériale. Dōgen vit donc le jour au sein d'une famille aristocratique bien en place et influente. Mais son père mourut alors que lui-même était âgé de deux ans, puis sa mère lorsqu'il avait huit ans. Le jeune Dōgen reçut l'éducation appropriée à une telle famille et dès l'âge de quatre ans il pouvait lire des poèmes en chinois. Malgré cela, il passa une enfance malheureuse et solitaire, observant le caractère illusoire de la lutte pour le pouvoir dans un monde de chagrin et d'impermanence. Juste avant de mourir, sa mère lui recommanda de devenir moine afin d'aider au salut de tous les êtres. Très tôt cet enfant, confronté à de tels phénomènes, réalisa la nécessité de chercher la vérité au-delà du monde des apparences. Orphelin, Dōgen fut accueilli par un de ses oncles, Minamoto Michitomo, un illustre poète qui lui fit découvrir la poésie, ce qui imprègnera fortement toutes ses œuvres futures.