Arrivé à NY, Jordan doit accepter de démarrer un nouveau cycle. Ses problèmes hors terrain et sa santé fragile rendent le coaching staff frileux, l’équipe est déjà en place autour d’Ewing, et MJ doit donc sortir du banc derrière Newman et Walker. Lors des PO 1989, NY affronte les Bulls. Transformé par l’effet revenge, Jordan se montre décisif, et gratte une place de starter au fil de la série. Il plante le game winner du G4 sur la tête de Pippen et devient le chouchou du MSG.

La saison suivante, en 89-90, il conserve sa place de titulaire. Ewing est la pièce maitresse de NY, et MJ devient le rôle player aux allures de 2nd option playmaking. Mais dès l’année suivante, le schéma se répète : en ayant mis la main sur le rookie John Starks, les Knicks viennent renforcer la concurrence.

Toujours empreint à des soucis physiques et à des performances en dents de scie, MJ voit son temps de jeu se réduire au bénéfice de Starks dès sa première saison. Ce dernier réussit des playoffs de haute volée, là où Jordan, à nouveau face aux Bulls, sera totalement impuissant dans son duel face à Pippen, devenu All Star.

Starks continue de progresser dans sa saison sophomore, tant et si bien que MJ est recalé sur le banc à l’approche du ASG 1992. Ewing et Starks sont plus complémentaires, et les performances de Jordan sonnent creux quand bien même elles peuvent être intéressantes. Frustré et vexé d’être à nouveau relégué au 2nd plan, Jordan multiplie les éclats dans la presse et en coulisses. Pat Riley tape du poing sur la table, et Jordan est laissé libre en fin de saison.