Vilgénis proviendrait de « Villa Johannis », édifice gallo-romain construit en ce lieu. Ce domaine passa au XVIIe siècle dans les mains de la famille de Vigny (dont est issu Alfred de Vigny), puis au XVIIIe siècle dans celles de Mademoiselle de Sens, petite fille légitimée de Louis XIV. Le domaine revint en héritage, en 1765, à son neveu Louis Joseph de Bourbon, prince de Condé.
Vendu comme bien national à la Révolution, le domaine dont le château sera reconstruit vers 1840, est acheté en 1852 par Jérôme Bonaparte, ex-roi de Westphalie. C’est d’ailleurs à ce titre qu’il a signé en 1807 le décret donnant le titre de commune à Hövelhof, devenue notre ville jumelée de RFA en 1971.
Depuis 1955, la propriété, maintenant située exclusivement sur Massy, appartient à Air France qui y a installé un centre de formation.