Shell, une jeune femme piégée dans les complexes de Fermeture Science. Shell est forcée par une intelligence artificielle devenue incontrôlable, CRaDOS, de résoudre des tests à difficulté croissante dans des salles conçues à cet escient.
Pour passer ces tests, Shell reçoit le Générateur de Portail, un appareil développé par Fermeture Science, qui lui permet de créer des trous, les portails, suffisamment larges pour la laisser y passer. Les portails sont liés entre eux, et entrer par un signifie sortir par l'autre; grâce à eux, Shell peut ainsi se déplacer rapidement entre deux points, ou atteindre des endroits auparavant inaccessibles.